Yonaguni toma su nombre de una isla japonesa, el tema está acompañado de un videoclip dirigido por Stillz y en el que se puede ver al artista empapándose de la cultura japonesa, practicando actividades como el yoga y las artes marciales.
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Hacia el final del vídeo hay un fragmento de animación en el que se puede escuchar al intérprete cantando en japonés. Yonaguni es el primer single oficial de Bad Bunny desde el lanzamiento de su último álbum, El Último Tour del Mundo, que salió a la venta el pasado mes de noviembre.