El jet, un AV-8 Harrier Jump, despegó de la base estadounidense de Kadena y se estrelló a 153 kilometros del cabo Hedo, en el norte de Okinawa, según el funcionario.
El piloto se eyectó del avión y fue rescatado por un equipo de la Fuerza Aérea de Estados Unidos, dijo la Fuerza Expedicionaria de Marines en un comunicado.
«La causa del incidente está bajo investigación», agregó el comunicado.
Aunque el avión es de un solo piloto, la versión de entrenamiento tiene dos asientos. No está claro cuántas personas estaban a bordo.
La Guardia Costera japonesa desplegó equipos de rescate.
Okinawa, la prefectura más al sur el país, alberga una gran presencia militar estadounidense.