La investigación de la Comisión Interamericana abarcará cuatro ejes principales. El primero será un contexto histórico de la violencia que se vive en la frontera, especialmente en Esmeraldas, donde fueron secuestrados los reporteros el pasado 26 de marzo.
Édison Lanza, relator para la Libertad de Comunicación de la CIDH y parte del equipo de investigación, sostuvo que es importante contar con esta referencia porque el secuestro de los comunicadores no fue un hecho aislado.
El segundo eje abarcará las medidas de protección y seguridad que se brindó a los periodistas en las zonas de violencia en la frontera. Los familiares de Javier Ortega, Paúl Rivas y Efraín Segarra han argumentado que este punto es clave, porque se debe definir quién autorizó o permitió el ingreso del equipo periodístico a Mataje conociendo de antemano las amenazas de alias “Guacho” de ejecutar secuestros y asesinatos a civiles, policías y militares en la frontera en represalia a las detenciones de sus hombres del Frente Oliver Sinisterra.
La tercera parte de la indagación o tercer eje es considerada también crucial para los familiares de los periodistas, porque se buscará descubrir que pasó durante su secuestro, las negociaciones y los hechos que desencadenaron su asesinato ocurrido, presuntamente, los primeros días de abril. La comisionada Camargo aseguró que en este punto será importante conocer qué sucedió en Colombia.
Después de su secuestro, los tres fueron llevados a diferentes comunidades de Tumaco, luego fueron asesinados y sepultados en ese país. El cuarto eje será conocer qué pasó con todos los hechos protagonizados por la narcoguerrilla de Oliver Sinisterra, que fue responsable del coche bomba en el cuartel de San Lorenzo, de la colocación de un explosivo en el retén naval de Borbón; del atentado que mató a cuatro militares en Mataje y del secuestro y homicidio de Óscar Villacís y Katty Velasco.