El sacerdote, que actualmente se desempeña como Obispo de Babahoyo, nació en Daule, provincia del Guayas, el 14 de julio de 1967. Realizó sus estudios de Filosofía y Teología en el Seminario Mayor de la Arquidiócesis de Guayaquil y obtuvo la licenciatura en Teología Espiritual en la Universidad de la Santa Cruz en Roma. Fue ordenado sacerdote el 19 de marzo de 1992, para la Arquidiócesis de Guayaquil y el 10 de junio de 2006 el Papa Benedicto XVI lo nombró Obispo Auxiliar de Guayaquil.
Monseñor Marcos Pérez se desempeña también como vicepresidente de la Conferencia Episcopal Ecuatoriana, desde 2014.
