Dos secuestradores están amenazando con hacer explotar el avión con granadas. Tras negociaciones con las autoridades de Malta los secuestradores se rindieron.
A bordo del avión hay 111 pasajeros: 82 hombres, 28 mujeres y un niño, aseguró el primer ministro.
Todos los pasajeros y miembros de la tripulación ya han sido liberados.
Las autoridades están negociando telefónicamente con los secuestradores.
El avión, un vuelo nacional de Libia operado por Afriqiyah Airways, aterrizó en el Aeropuerto Internacional de Malta donde un equipo de seguridad y emergencia lo esperaba.
El primer ministro de Malta, Joseph Muscat, tuiteó que había sido «informado de una posible situación del secuestro de un vuelo internacional de Libia, que había sido desviado a Malta. Operaciones de seguridad y emergencia están atentas».
El avión iba en una ruta de Sabha, una ciudad en el sudoesta de Libia, a la capital, Trípoli.
El funcionario de comunicaciones del Ministerio de Asuntos Exteriores de Malta, Etienne Saint John, le dijo a CNN que «el personal de seguridad está en la escena. Hay una reunión sobre el avión en la oficina del primer ministro», añadió.