El ministerio dijo que las fuerzas del Ejército Popular de Liberación de China (EPL) cruzaron la línea media, el punto medio entre la isla y China continental, en un movimiento que calificó de «acto altamente provocativo».
La línea ha sido anteriormente una frontera de control informal pero ampliamente respetada entre Beijing y Taipei.
El ejército de Taiwán respondió con advertencias por radio y puso en alerta a las fuerzas de patrulla aérea, los barcos navales y los sistemas de misiles en tierra, agregó el ministerio.
El viernes, el primer ministro de Taiwán, Su Tseng-chang, dijo que la isla representaba «libertad y democracia» y que «el malvado vecino de al lado mostró sus músculos en nuestra puerta y arbitrariamente saboteó (una de) las vías fluviales más transitadas del mundo con ejercicios militares».
Los cielos y las aguas alrededor de Taiwán se han convertido en un punto focal a medida que Beijing aumenta las tensiones no solo con Taiwán, sino también con el vecino Japón, que presentó una protesta formal a China después de que cinco proyectiles cayeran en la Zona Económica Exclusiva (ZEE) de Japón.
Los misiles se encontraban entre varios lanzados por Beijing el jueves, algunos de los cuales volaron sobre Taiwán, mientras Pelosi se dirigía a Tokio, donde se reunió con el primer ministro japonés, Fumio Kishida, el viernes.
China ha disparado misiles anteriormente en las aguas que rodean a Taiwán, una isla democrática de 24 millones que el Partido Comunista Chino considera su territorio, a pesar de que nunca lo ha controlado, sobre todo durante la crisis del Estrecho de Taiwán en la década de 1990.
Pero los misiles que sobrevolaron la isla representaron una escalada significativa, y funcionarios estadounidenses advirtieron que podría haber más por venir.
«Anticipamos que China podría tomar medidas como esta; de hecho, se las describí con bastante detalle el otro día», dijo John Kirby, portavoz del Consejo de Seguridad Nacional de EE.UU. a periodistas el jueves. «También esperamos que estas acciones continúen y que los chinos sigan reaccionando en los próximos días».
Un portaaviones estadounidense permanecerá en el área alrededor de Taiwán durante varios días más para «monitorear la situación», agregó Kirby.
El viernes, Kishida dijo que los ejercicios militares chinos eran «un problema grave relacionado con la seguridad de nuestro país y su gente» y pidió la suspensión inmediata de los ejercicios.
Japón y Estados Unidos «trabajarán juntos para mantener la estabilidad en el Estrecho de Taiwán», agregó.
Hablando en Tokio el viernes, Pelosi acusó a China de intentar “aislar a Taiwán”, señalando la exclusión de la isla de grupos internacionales como la Organización Mundial de la Salud.
«Pueden tratar de evitar que Taiwán visite o participe en otros lugares, pero no aislarán a Taiwán impidiendo que viajemos allí», dijo.
Agregó que su visita a Taiwán se había tratado de mantener el statu quo, no de cambiarlo.