En un comunicado, el Vaticano informó que aunque «el Santo Padre se complace con la noticia del cierre de las negociaciones, (…) considerando la vocación universal de la Iglesia y la misión del Sucesor de Pedro como Pastor del Pueblo de Dios sería más apropiado que dicha tarea sea confiada a otras instancias».
La Santa Sede dice en el comunicado que «el papa Francisco encomienda el proceso de paz en Colombia a la materna protección de la Santa Madre de Dios, Reina de la Paz, e invoca el don del Espíritu Santo para que ilumine el corazón y la mente de quienes están llamados a construir el bien común de la nación colombiana».
Además, señala que el pontífice católico reitera «su apoyo al objetivo de alcanzar la concordia y la reconciliación de todo el pueblo colombiano, a la luz de los derechos humanos y de los valores cristianos que se hallan en el centro de la cultura latinoamericana».
La invitación fue hecha el pasado 12 de agosto a través de un comunicado conjunto de los equipos negociadores en que propusieron a instituciones y personas escoger una persona para integrar el tribunal, es decir a uno de los magistrados. Además del papa Francisco, la invitación se extendió al secretario general de las Naciones Unidas, a la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia de Colombia, a la delegación en Colombia del Centro Internacional de Justicia Transicional (ICTJ), y a la comisión permanente del Sistema Universitario del Estado.
Las partes acordaron que la la Jurisdicción Especial para La Paz estará compuesta por un Tribunal de Paz de 20 magistrados colombianos y 4 extranjeros y tres salas de justicia de 18 magistrados colombianos y 6 extranjeros.