Cunha fue destituido de su cargo de diputado tras una votación en la Cámara baja en septiembre.
El Comité de Ética de la Cámara de Diputados brasileña decidió que Cunha mintió durante la investigación sobre corrupción en la estatal Petrobras y escondió millones de dólares en cuentas en el extranjero.
En julio, Cunha ya había renunciado a la presidencia de la Cámara, después de que el Tribunal Supremo lo suspendiera. Cunha siempre ha negado los cargos.
Cunha puso en marcha el proceso de destitución de Rousseff en diciembre de 2015, acusando a la entonces presidenta de ocultar un déficit presupuestario para ganar la reelección en 2014.
La Fiscalía Federal dice que el arresto de Cunha se ordenó porque había riesgo por su doble nacionalidad (brasileño e italiano) y sus extensos «recursos ocultos» en el exterior.
Las autoridades han congelado su acceso a bienes personales por 70 millones de dólares. Los fiscales añadieron que Cunha representa una amenaza al orden público y a la investigación Lava Jato.
Tras su arresto en la capital brasileña, la policía federal escoltó a Cunha hacia una aeronave policial que lo llevó a la ciudad de Curitiba, la base de la investigación.
