Flores, quien se desempeñaba en su cargo en el momento de la desaparición de los 43 estudiantes, fue capturado el pasado viernes por la Comisión Nacional de Seguridad de México.
Según dijo el entonces procurador general de México, Jesús Murillo Karam, en octubre de 2014, Felipe Flores, José Luis Abarca, alcalde de Iguala, y su esposa, Ángeles Pineda Villa, son los autores intelectuales de los hechos ocurridos en Iguala, el 26 de septiembre de 2014. Abarca y Pineda Villa fueron detenidos en noviembre de 2014.
La PGR había ofrecido una recompensa de unos 134.000 dólares por información que diera con su paradero, pues estaba prófugo desde septiembre de 2014.
Dos años después de la desaparición de los estudiantes, los padres de familia y organizaciones sociales han marchado para manifestar su descontento con el Estado por la investigación sobre el paradero de sus hijos y para denunciar la presunta participación de agentes militares en la desaparición forzada de los estudiantes.