El ministerio fue creado por el exmandatario Rafael Correa, el 14 de noviembre de 2007, y entre las principales funciones estaban la rectoría del sistema penitenciario del país, antes en manos del Ministerio de Gobierno (hoy del Interior), e impulsar la implementación de mecanismos de difusión de derechos humanos.
Luego se sumaron otras responsabilidades como establecer los acuerdos de reparación integral de las víctimas de violación de derechos humanos y presidir el Consejo para la Igualdad de las Mujeres y Personas LGBTI.
Y la preocupación de Billy Navarrete, secretario del Comité Permanente por los Derechos Humanos; de Harold Burbano, especialista en derechos humanos; y de Julio César Cueva, especialista en derecho penal, radica en desconocer qué entidad asumirá las funciones del Ministerio de Justicia.
El Decreto 491 de Moreno da 30 días para que la Secretaría Nacional de Planificación y las secretarías General y Jurídica de la Presidencia definan los mecanismos de la optimización del aparato estatal, lo que incluye la derivación de las funciones de este ministerio.
Desde su creación, ocho funcionarios pasaron por el ministerio. El último es Paúl Granda, secretario de Gestión Política, a quien Moreno le encargó las riendas de la entidad una vez que Rosana Alvarado presentó su renuncia al cargo.
