El brazo informativo de ISIS reivindicó los ataques, que tuvieron lugar en Surabaya, un puerto en la costa este de la isla de Java.
En un comunicado publicado en internet, la agencia Amaq de ISIS dijo que al menos 11 personas habían fallecido y que había 41 heridos.
El grupo no ofreció ninguna prueba para sustentar la reivindicación, ni las autoridades o fuentes de seguridad han verificado su autenticidad.
Cuarenta y una personas, incluyendo dos policías, fueron hospitalizadas con heridas, dijo el portavoz de la policía Frans Barung Mangera.
Las explosiones del domingo tuvieron como blanco la Iglesia Católica de Santa María, la Iglesia Cristiana Indonesia y la Iglesia Central Pentecostal. La explosión en la iglesia católica mató a cuatro personas y dos personas murieron en cada una de las otras dos iglesias, dijo el portavoz. Dos personas más murieron más tarde en el hospital.
La explosión en el templo católico fue la primera y ocurrió a las 7:30 a.m. hora local del domingo (8:30 p.m. ET del sábado).
La policía ha cerrado los tres sitios mientras investigan.
En El Vaticano, el papa Francisco pidió por las víctimas de los ataques durante su audiencia semanal en la Plaza de San Pedro.