Un hombre de 42 años fue encontrado muerto al lado de un camino inundado la mañana del lunes en la ciudad de Kitami, Hokkaido, después de que su coche abandonado fue descubierto cerca.
Más de 300 de vuelos fueron cancelados, al igual que 105 trenes, y partes del país están inundadas tras el paso de los tifones Mindulle y Kompasu, que causaron fuertes vientos y lluvias.
La oficina del primer ministro, Shinzo Abe, advirtió de deslizamientos de tierra.
Al menos 10.000 personas fueron llamados a evacuar en la prefectura de Kanagawa, antes de la llegada tormentas.
Se prevé que Mindulle pase por encima de algunas de las zonas más pobladas de Japón, incluyendo las ciudades de Tokio, Yokohama y Sendai.
La llegada de la tormenta se produce menos de 24 horas después que el tifón Kompasu golpeara la isla japonesa de Hokkaido a última hora del domingo, obligando a miles de habitantes a evacuar.
Kompasu se degradó a un sistema de baja presión y permanece frente a la costa norte del país.
En el sur del país, se prevé que la tormenta tropical Lionrock se convierta en huracán el jueves.